Двадцать третьего июня 1999 года были зарегистрированы и внесены в Государственный геральдический регистр РФ символы местного самоуправления: герб города Губкинского под № 480 и флаг муниципального образования под № 481.

Герб города Губкинского – опознавательно-правовой знак, являющийся официальным символом местного самоуправления. Он представляет собой щит, разделенный на серебряное и красное поля голубой волнообразной перевязью, скошенной слева.

В серебряном поле в верхнем правом углу щита – черная капля, соединенная с голубой, символизирующие нефть и газ – природные богатства, которым город обязан своим рождением. В красном поле в нижнем левом углу – возникающий золотой орнамент в виде стилизованных рогов оленя.

Флаг города Губкинского – символ муниципального образования, единства его территории, населения, прав и самоуправления. Он разработан в соответствии с существующим гербом города. Прямоугольное полотнище флага с отношением высоты к длине 2:3 разделено волнистой лазоревой перевязью. Вверху в серебряном поле падающая слева черная капля, сверху окаймленная широкой голубой каймой снаружи и узкой золотой внутри, внизу – червленое и золотое поле скошено малыми стропилами.

Примененные в флаге цвета повторяют символику флага Российской Федерации и флага Ямало-Ненецкого автономного округа. Преобладает голубой цвет, так как он одновременно символизирует голубое небо и бесконечные водные просторы.

Золотой орнамент в виде стилизованных рогов оленя на красном поле – традиционный орнамент народов Севера. Черная капля в верхнем левом углу полотнища, обремененная возникающей голубой, символизирует нефть и газ.